吴起高级中学系原吴旗县中学，1958年建成于现吴旗县职教中心址。1959年1月1日因吴旗县建置撤消并入志丹县，更名为“志丹县第二中学”。1961年9月又因恢复吴旗县建置，恢复“吴旗县中学”的名称。1971年单设高中，1976年与城关小学的初中部合并为完全中学。2002年秋实行初高中剥离，又成为单设高中更名为“吴旗高级中学”。2005年秋迁入刘渠子新校址，因县名改为“吴起县”再度改名为“吴起高级中学”。2005年11月晋升为市级重点高中，2006年11月晋升为省级标准化学校。她困难中建设，艰辛中成长，改革中发展，竞争中崛起，开拓中奋进，成为洛河之滨一颗璀璨的明珠。
1958年，吴旗县中学，单设初中。
1959年，更名志丹县第二中学，单设初中。
1961年，恢复校名为吴旗县中学，单设初中。
1971年，吴旗县中学，初高中同时招生，成为完全高中。
1973年，吴旗县中学，单设高中。
1976年，吴旗县中学，初高中同时招生，成为完全高中。
2002年，吴旗高级中学，初高中剥离，单设高中。
2005年，更名为吴起高级中学，晋升为市重点高中。
2006年，吴起高级中学，晋升为省标准化高中。
学校大事记:
1958年9月15日，吴旗县初级中学（吴起高级中学前身）建成于县城北街，占地约三十亩。
1959年1月1日，吴旗县建制撤销，并入志丹县，学校更名为志丹县第二中学。学校建起了劳动基地，开荒种地近300亩，秋收糜谷20000余斤，为度过三年困难时期打下基础。
1960年春，学校被评为“先进教育集体”，副校长王德普出席了在北京召开的全国文教群英会。7月，吴旗历史上首届43名初中生毕业。校女子垒球队获延安地区垒球锦标赛亚军，男子垒球队获第三名。初二学生刘汝华获陕西省女子500米速滑第一名。
1961年，学校在“整顿、巩固、充实、提高”方针的指导下，动员辍学适龄学生返校。7月，县教育局委托学校举办为期一年的小学教师培训班结业，共培训教师60名。9月，随着吴旗县建置的恢复，学校恢复为吴旗县初级中学。
1962年，吴旗140天大旱无雨，因无粮吃大批学生流失。经全体教师下乡动员，学校仅留190余名学生，办学遇到极大困难。
1963年，学校着手调整课程设置，增加了基础课比重。首届初中毕业生李艳丽、温景帮、刘志强等五名学生由外县高中毕业后考入大学。
1964年，学校贯彻毛泽东在春节文艺座谈会上的讲话精神，减轻学生负担，精减教材内容，减少教学时间。“社教”“四清”波及学校。
1965年，学校遵照毛泽东7月3日关于学生负担过重的讲话精神，精减教材，改进教法，推行“精讲多练”，促进教学方法的改进。7月，与县医院合办为期一年的农村赤脚医生培训班，招收学员30余人。
1966年2月，副校长王德普调离，马玲泰任校长。5月，文革开始。10月，红卫兵开始大串连，停课闹革命，学校已无正常秩序。
1967年1月19日，县委召开全县教师会，为教师集训会期间被批斗的绝大多数人平反。本校绝大多数教师也予以平反。同年，部分师生分别成立“井岗山”和“红总部”两大派，继续派系斗争，学校基本处于混乱。
1968年10月，根据县革命委员会要求，学校两大派组织协商大联合，教师学生相继返校。11月，吴旗中学革命委员会成立，学校更名为吴旗县中学。
1969年5月，县上组织工宣队进驻学校，参与学校管理。7月，1967级、1968级、1969级学生同时毕业离校。同年，学校取消了升学考试，实行贫下中农推荐入学制度。从本年度开始，学校实行春季招生，高中招收了两个班共100名学生，后改为师范班。
1970年，延安地区直属中专学校多名业务能力强的教师下放调入本校，学校师资力量大大加强。学校承担了延安大学在本校举办的志丹、吴旗初中教师培训工作，三个月共培训教师60名。
1971年春，学校正规招收首届高一新生五个班。同年，开办小学教师培训班，培训小学教师56名。
1972年、1973年、1974年，“抓教育管理，抓教学质量，抓教师提高”被作为“修正主义教育路线回潮”进行批判，开门办学的要求使学校又陷入混乱状态。高中班被改为理论班、农技班、机电班、医疗班、文艺班。
1975年，学校为延安师范代招一个49人的师范班。县城关初中于同年并入，学校又成为完全中学。
1976年，“四人帮”被粉碎，学校工作逐步转入正轨。
1977年，高考恢复，建校以来首次有220余名毕业生参加高考，王金龙等12名同学被大学录取。
1978年，学校恢复秋季招生。3月起学校协助教育局举办为期半年的初中英语教师培训班，35人结业。
1979年，学校贯彻全县教育工作会议关于“提高教育质量，提高科学文化教学水平”的精神，大力整顿教育教学秩序，促进教育、学风好转。9月，学校被县上定为要全力办好的重点中学。
1980年7月，县二中（五谷城中学）、三中（铁边城中学）高中部被撤消，本校成为全县唯一的一所完全中学。同年，许彦政获延安地我高考文科第二名。
1981年，学校恢复中学六年制。此年，张学广获延安市高考文科状元。
1982年，学校贯彻省教育厅颁发的《中小学班主任工作暂行规定》及《中小学评选三好学生（班级）试行办法》，全面开展德育工作。同年，蔺彦明在高考中获全省英语专业第一名，延安市文科状元。《陕西日报》撰文“山沟里飞出的金凤凰”予以报道。本校荣获延安地区高考英语单科第一名。
1983年，学校试行以统考分数为主要依据的教师考核评估办法，奖优罚劣。
1984年9月，学校获延安地区“精神文明建设先进集体”称号并受奖。12月，校党支部被评为“党风好转先进集体”。
1985年6月，可容纳30个教学班的教学楼落成。3月，学生王佐林在上海参加的全国女子竟走马拉松比赛中，荣获“国家健将级运动员”称号，成为延安地区第一个国家健将级田径运动员。1985年高考成绩获延安地区第四名。同年，学校被评为“陕西省先进体育传统项目学校”。
1986年，学校贯彻中共中央《关于教育体制改革的决定》和《社会主义精神文明建设指导方针的决定》，积极开展向刘宝堂、郑彩琴同志学习的活动，努力加强师德师风建设。
1987年，学校首次开展教师赛教活动。同年，校摔跤队在延安地区第二届中国式摔跤比赛中获团体第一名。
1988年8月，学校正式实行教师聘任制，开始推行职称评定，学校首批高级教师3名，一级教师19名。
1989年9月，学校以县委、县政府“教育奠基，科技兴县”的战略方针为指导，围绕提高教学质量展开工作。高考中地理单科荣获延安地区第一名。同年，校体育代表队获地区中学生青运会男篮冠军 。
1990年，学校高考成绩排名全地区第四名，获延安地区教学质量一等奖。教工男篮队在定边中学承办的陕宁蒙三省七校运动会上获冠军。
1991年，学校新建成实验楼一栋。学校田径队在延安地区体育传统项目学校竞赛中获总分第二名。教工男篮队在盐池中学承办的陕宁蒙三省七校运动会上获冠军。高考中地理科、化学科荣获延安地区第一名。1991年到1993年，学校连续三年获延安地区教学质量二等奖。
1992年，学校试行总务后勤改革，师生灶由大灶变小灶，统一管理，个人承包经营。学校获“陕西省先进体育传统项目学校”称号。教工男蓝队在前旗中学承办的陕宁蒙三省七校运动会上获冠军。
1993年，学校获省级“文明学校”和“德育工作先进单位”称号，被评为“全国群众体育先进单位”。教工男蓝队在靖边中学承办的陕宁蒙三省七校运动会上获亚军。
1994年，陕西省首批会考学生毕业，高考毕业证书由市教育局统一验印。学校与北师大二附中结为“手拉手”友好学校。学校承办陕甘宁蒙四省七校运动会，学校教工男蓝队获得冠军。
1995年，学校教工男子篮球队在华池中学承办的四省七校运动会上获得冠军。学校被定为北师大二附中教育社会实践基地，学校接待北师大二附中首批文科实验班学生深入农村参与社会实践。
1996年，校团委被共青团陕西省委授予“先进团委”荣誉称号。学校被延安地区体委、延安地区教委授予“延安地区体育传统项目先进学校”称号。学校派出以各班团支部书记、学习委员为成员的学生团队开展首次夏令营活动，深入北大清华等名校体验大学生活。开始实施“四制”改革，学校中层岗位实行聘任制。
1997年5月，学校被陕西省体委、陕西省教委授予“开展冬季体育锻炼活动先进学校”称号。同年，学校被评为“延安市勤工俭学先进学校”。
1998年，学校举办建校四十周年校庆。高考6名考生上省线，走出1995、1996、1997三年连续低谷，实现零的突破。教职工住宅楼破土动工。
1999年学校被教育部和国家体育总局评为“推行《体育锻炼标准实施办法》先进单位”。被延安市教委评为“体、卫、艺、国际教育先进单位”。被教育部和国家体育总局评为“全国学校体育工作先进单位”。与江苏宜兴中学结对联谊。学校行政办公楼破土动工。
2000年1月，学校被延安市国防教育委员会和延安分区政治部评为“迎国庆万校国际教育先进单位”。行政办公楼、教职工住宅楼竣工。
2001年，学校被国家体育总局授予“全国群众体育先进单位”称号。学校代表队在全国第十届中学生生物竞赛中获得优胜组织奖。学校全面实施“四制”改革，调整了内部管理机构，实行教职工全员聘任，并与教职工签定岗位目标责任书，全面推行结构工资制。
2002年，学校被吴起县委、县政府评为“社会治安综合模范单位和绿化先进单位”。实行初高中剥离，命名吴旗高级中学。学生餐饮公寓综合楼破土动工。
2003年，学校被延安市妇联和教育局命名为“延安市示范家长学校”，被延安市爱国运动委员会评为“卫生先进单位”。吴旗高级中学新校址——刘渠子台选定，组建吴旗高级中学新校区筹建委员会。县委县政府斥资百万元重奖全县教育功臣，赵和之、王关兴、吴建莉获优秀园丁奖。
2004年，6月5日，校园增设六间彩钢活动房作教室，减缓学生就学压力。吴旗高级中学新校区动土修建。高考二本上线人数首次突破百名大关。举办首届校园科技文化艺术节。
2005年8月，新校区投入使用，学校更名为吴起高级中学。同年，彭化同学高考成绩名列全市文科第七名。11月，学校晋升为延安市重点普通高级中学。
2006年11月，学校顺利通过省教育厅评估验收，晋升为省级标准化学校。12月，学校被陕西省教育工会授予“陕西省教育系统模范职工之家”称号。
2007年3月，学校被吴起县委、县政府授予“平安单位”称号，被国家教育部专项任务项目中小学英语真实阅读教学推广实验课题组定为“实验学校”。6月，被中国图书馆协会、中小学图书馆委员会授予“中小学图书馆先进集体”称号。开始在高一年级实施新课程。闫志俊老师北评为陕西省优秀教师。开始实施县委县政府出台的“五免一补”教育政策。开始实施面向全国招聘特名优制度。县政府投资2400万元回收招商引资建设的三栋学生公寓、一栋餐饮楼的管理使用权。
2008年3月，学校被中共延安市委、市政府授予“文明校园”称号。5月，延安市高级中学校长联谊会一届三次会议在本校召开。6月，刘彦良在高考中获得延安市文科状元。省教育厅重点支持吴起教育，学校与西安中学结为友好帮扶学校，学校被省教育厅定为陕西师大教育实践基地。同时，举办陕西师大研究生培训班，95名教师参加学习培训。田径场软化工程和4号学生公寓建设工程开工。9月，学校举办建校五十年校庆。
2009年2月，学校被陕西省社会治安综合治理办公室、陕西教育厅、陕西公安厅评为陕西省“平安校园”。7月，被延安市教育局评为“市发展水平优秀学校”。12月，被陕西省教育学会评委陕西省“首届优质光盘评选交流活动优秀组织学校”。田径场软化工程竣工，并协办全县首届农民运动会。4号学生公寓建设工程竣工。
2010年1月，学校被陕西省委、省政府评为陕西省“文明校园”。《学困生成因、特点及教育对策的教育资源建设调查研究》和《普通高中学生实践能力的培养与研究》课题获得延安市科技成果第一、二等奖。8月，学校被陕西省政府、陕西省环保厅评为陕西省“绿色文明示范工程单位”。学校晋升为副县级建制，内设“八处三部”（党政办公室、教学处、教务处、学生处、团委、教育科研处、安全保卫处、总务处以及三个年级部）均为副科级单位。开始实施校内教师骨干考核评价制度。开始设立艺体特长班，加强特色教学。
2011年4月，校园文化长廊建成。11月，学校获得吴起政府颁发的2010—2011年度教育综合考核先进集体一等奖。8月后勤职工宿舍楼破土动工。
2012年5月，学校被评为陕西省第十次优秀科研论文与成果交流评选活动“优秀组织学校”。6月，高考本科上线1002人，首次突破千名大关。9月，学校工会被陕西省工会评为教育系统工会工作“争先创优”先进集体。11月，学校被延安市教育局评为延安市“师德建设先进集体”。
2013年，主体建筑进行墙体重新粉刷。1号学生餐厅改造。科技艺术楼破土动工。强化高效课堂建设，高一年级全面实施高效课堂教学。
2014年，开始实施学校《改革创新、立德树人、提升质量、全面发展三年行动计划》。2014届高考成绩位列全市县区第4位次，27所学校中第8位次，较上一年的县区和学校排名分别提升了2个和1个位次。
2015年，贯彻吴起县2015年4月13日教育工作会议“办强教育”精神，深化机制改革，优化机制建立办公室、宣教室、教务处、政教处、教科室、考评办、总务处为主体的学校内设机制；着手修订完善各项管理制度，强化过程考核管理，增强制度的执行力，推进校风、教风、学风建设。6月19日，成功举办“让爱与教育同行”主题大型家长会，促进“开放办学”和“家校共育”理念宣传，推动家校共育机制建设。2015届高考在全市27所学校中，文史类成绩居第9位，理工类成绩居第8位，较上一年比文史类成绩位次保持不变，理工类成绩前进2个次位。